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柱子的维护由于高效液相色谱柱制作困难，价格昂贵，因此，为了延长柱子的使用寿命，应注意以下几点。
①应满足固定相对流动相的要求，如溶剂的化学陛质、溶液的pH值等等。
②在使用缓冲溶液时，盐的浓度不应过高，并且在工作结束后要及时用纯溶剂清洗柱子，不可过夜。
③样品量不应过载，被沾污的样品应预处理，最好使用预柱以保护分析柱。
④当柱前压力增加或基线不稳时，往往是柱子被沾污所致，可通过改变溶剂的办法使不溶物溶解，从而使柱子再生。正相柱使用水、甲醇等极性溶剂；反相柱使用氯仿或氯仿与异丙醇的混合溶剂。
⑤流动相流速应缓慢调节，不可一次改变过大，以使填料呈最佳分布，从而保证色谱柱的柱效。
⑥柱子应该永远保存在溶剂中，键合相最好的溶剂是乙腈。
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